تنقسم جائزة الإمارات إلى 6 فئات مختلفة و23 جائزة وذلك لتراعي التنوع في طبيعة عمل الجهات الإتحادية وتلبية أهداف برنامج الشيخ خليفة للتميز الحكومي في دعم تحقيق التميزفي كافة المجالات. كما تختلف فئات جائزة الإمارات من حيث إلزامية الإشتراك وطريقة التقدم للجائزة، حيث تم تحديد أن الإشتراك الزامي فقط في الفئات الرئيسية.